La embriología comparativa respalda la teoría de la evolución porque los científicos han descubierto que los embriones de muchas especies diferentes muestran similitudes, lo que implica que comparten un origen común. Por ejemplo, en los humanos, el embrión pasa por una etapa. en el que tiene una estructura branquial similar a la del pez. Los embriones humanos también tienen una cola, al igual que otros primates, aunque la cola generalmente se reabsorbe antes del nacimiento, y esto sugiere que, aunque sus formas adultas son diferentes, todas estas especies tienen un ancestro común.
Además, el embrión sirve como un microcosmos para la evolución. El embrión atraviesa muchas etapas de la evolución hasta que finalmente alcanza su forma adulta.
Si bien la aparición de rasgos ancestrales en los embriones de muchos organismos está bien documentada y puede proporcionar información sobre la evolución de una especie, un primer intento para establecer paralelos directos entre el desarrollo de un embrión (ontogenia) y el desarrollo de Se cree que la especie (filogenia), conocida como la teoría de la recapitulación, fue desacreditada por la ciencia posterior.
