El efecto más común de la contaminación del agua en los seres humanos es la enfermedad. El agua potable contaminada por microorganismos portadores de enfermedades, también conocidos como patógenos, causa diversas enfermedades transmitidas por el agua, como el tifo, la disentería, la hepatitis y el cólera.
Los contaminantes químicos, los depósitos de desechos industriales y los desechos tóxicos pueden causar problemas de salud a largo plazo para los seres humanos, especialmente cuando contaminan los peces. Los organismos acuáticos, como los peces, pueden consumir accidentalmente sustancias tóxicas, que es la forma en que las toxinas se transfieren al cuerpo humano.
Las condiciones de salud que pueden resultar de beber agua con químicos o desechos tóxicos incluyen insuficiencia orgánica, deformidades físicas e incluso la muerte.
La presencia de la bacteria Escherichia coli, comúnmente conocida como E. coli, en una fuente de agua es una indicación de la presencia de desechos humanos o animales en el agua. Esta bacteria es un tipo de bacteria coliforme fecal que se encuentra en los intestinos de humanos y animales. El agua potable que contiene la bacteria E. coli puede causar diarrea, calambres abdominales, dolores de cabeza y náuseas. Los niños pequeños y las personas mayores pueden ser más susceptibles a los efectos adversos de E. coli porque sus sistemas inmunológicos son delicados.
El agua contaminada es también un caldo de cultivo para los mosquitos. Las picaduras de mosquitos pueden afectar la salud humana y causar enfermedades, como la malaria y el dengue.