No puede ver un microorganismo sin usar un microscopio. Tampoco puede probar u oler microorganismos, como bacterias, en alimentos contaminados. Sin embargo, puedes oler el olor de las bacterias que metabolizan el sudor. Las infecciones por hongos en las uñas de los pies también producen un olor.
Si bien todas las bacterias y arqueas son microorganismos, solo algunos hongos y algas lo son. Algunos animales, como los rotíferos y casi todos los protozoos, son microscópicos. Los diminutos organismos viven en el suelo, la atmósfera, en el fondo del océano y en lo profundo de las rocas. Los microorganismos ayudan a la descomposición en el reciclaje de nutrientes en los ecosistemas. Los microorganismos en el aire pueden influir en la precipitación y el clima. Otros son activos en el ciclo del nitrógeno.