Las células eucariotas tienen orgánulos, estructuras unidas a la membrana que realizan diferentes funciones en la célula, y las células procariotas no. Algunos orgánulos eucariotas típicos incluyen el núcleo, las mitocondrias, los ribosomas, los aparatos de Golgi y los cloroplastos.
Las células eucariotas son más organizadas y complejas que las células procariotas. El ADN eucariótico se encuentra en el núcleo, mientras que el ADN procariótico flota libremente en el citoplasma.
En la década de 1970, el Dr. Lynn Margulis teorizó que las orgánulas de las células eucarióticas eran en un momento procariotas que fueron engullidas por células más grandes. Las células más grandes se convirtieron en los anfitriones, protegiendo a las células más pequeñas, mientras que las células más pequeñas proporcionaron alimento a sus anfitriones. Con el tiempo, ninguno de los dos podría existir sin el otro. Esta teoría endosimbiótica fue apoyada por la evidencia de que los orgánulos como las mitocondrias y los cloroplastos se parecen a las bacterias de hoy en día.