Las flagellas y los cilios tienen exactamente las mismas estructuras y funciones, y los nombres simplemente indican cuántos están presentes en una célula dada. Cuando se encuentran individualmente o en un par, estas protuberancias celulares se llaman flagellas. Las protrusiones celulares idénticas se llaman cilios si se encuentran en grupos de tres o más.
Cada cilio o flagelo individual está construido de un núcleo de microtúbulos que se extiende desde la membrana plasmática de la célula. Los microtúbulos están dispuestos en un patrón específico de nueve pares que rodean dos microtúbulos singulares para permitir el deslizamiento. El movimiento deslizante permite que el flagelo o cilio se doble, facilitando el movimiento.
El movimiento en flagelos y cilios comienza en la base al lado de la superficie celular y se extiende a lo largo de la protuberancia hasta el final en ondas.
Los flagelos se encuentran en las células de los espermatozoides y en algunas algas, y se utilizan para impulsar toda la célula hacia adelante. Los cilios se encuentran incrustados en el revestimiento del tracto respiratorio, donde barren los desechos y gérmenes que ingresan en la nariz o la boca, y en el tracto reproductivo femenino. Algunos protozoos están cubiertos de cilios y se usan tanto para la locomoción como para jalar la comida. Los cilios y flagelos más pequeños tienen cada uno unos pocos micrones de largo, mientras que el tramo más grande mide más de 2 milímetros de largo. Las flagellas suelen crecer más que los cilios.
