Los estromatolitos se forman cuando las bacterias que existen en ciertas regiones continúan acumulándose y formando capa sobre capa. Esto ocurre generalmente en áreas donde hay muchas cianobacterias diferentes presentes y donde los movimientos naturales del entorno se prestan a este tipo de desarrollo de capas. Los lugares con mucha agua, como lagos, ríos e incluso algunos tipos de suelo, suelen albergar cianobacterias. Aunque los estromatolitos están formados por bacterias, son completamente procariotas, por lo que no tienen ningún ADN.
Se tarda mucho tiempo en crear las formaciones de estromatolitos, ya que es un proceso extremadamente gradual que requiere miles y miles de estas bacterias. Los estromatolitos modernos se enfrentan a la destrucción como resultado del pastoreo de caracoles, gusanos y otros tipos de animales que pueden sobrevivir en los organismos unicelulares de los que están compuestos.
