Las flagellas y los cilios son estructuras largas y largas que parecen una cola que les ayuda a mover la célula. Las flagellas son más largas, pero los cilios aparecen en grupos más grandes.
En la mayoría de las estructuras más pequeñas, los cilios y flagelos están presentes. Se encuentran más comúnmente en las células y se pueden usar para muchas cosas diferentes. Los cilios generalmente ayudan en el movimiento de la célula a través del ambiente y pueden ayudar a crear los componentes necesarios para la respiración. Si bien los flagelos son igualmente importantes, generalmente solo ayudan en el movimiento de la célula a través de un área.
Estas estructuras funcionan como los brazos y las piernas en humanos y animales. Son capaces de impulsar la célula para la respiración, así como la locomoción, y trabajan en combinación con la célula para garantizar que sea capaz de moverse y respirar. La mayor diferencia física en los cilios y flagelos, aparte de los deberes que realizan individualmente, es su apariencia. Los cilios generalmente se agrupan y la célula contiene muchos cilios en un solo lugar. Estos funcionan juntos y, por lo general, se parecen a las patas que se encuentran en los ciempiés y los milpiés. Los flagelos son más largos que los cilios, y generalmente solo hay un flagella por célula. Los flagelos son más poderosos por sí mismos y no requieren el uso de múltiples estructuras.