Según Nature Education, las enzimas de restricción se utilizan para cortar el ADN en trozos más pequeños que luego pueden separarse por tamaño mediante electroforesis en gel. Las enzimas de restricción típicas cortan el ADN en cuatro o seis sitios de reconocimiento de pares de bases dando como resultado piezas muy pequeñas de ADN.
Según una página web de Colorado State Biotechnology, las enzimas de restricción se derivan de enzimas bacterianas que son una forma de sistema inmunológico rudimentario para las bacterias. Estas enzimas evolucionaron para cortar y destruir cualquier ADN extraño en las bacterias, razón por la cual cortan el ADN en pedazos pequeños. Las enzimas de restricción y la electroforesis en gel también se utilizan para la tecnología de recombinación de ADN, que permite que los genes diseñados se intercambien dentro y fuera del ADN para fines de clonación.