La caza de ballena azul está prohibida por la Comisión Ballenera Internacional, y la ballena azul está clasificada como en peligro por la Lista Roja de Especies en Peligro de la UICN de la UICN y la Ley de Especies en Peligro de los EE. observadores a bordo.
Debido a su tamaño, las ballenas azules no fueron objetivo de los balleneros hasta fines del siglo XIX, cuando se inventó el cañón arponero montado en la cubierta. Desde entonces hasta la prohibición de la CBI de cazar en 1966, las poblaciones de ballenas azules disminuyeron del 70 al 90 por ciento. La caza ilegal siguió ocurriendo hasta finales de la década de 1970, pero desde entonces hasta 2014, no ha habido caza comercial de ballenas azules, excepto por incidentes aislados.
Además de la caza, las ballenas azules enfrentan amenazas como huelgas de barcos, enredos en los aparejos de pesca comercial, ruido de embarcaciones oceánicas y degradación del hábitat debido a la contaminación y el calentamiento global. El etiquetado satelital ayuda a los investigadores a aprender las rutas de las ballenas para evitar enfrentamientos con embarcaciones y pesquerías. Los observadores en áreas de pesca generalizada y tráfico de barcos ayudan a evitar colisiones y enredos. El uso de pingers acústicos ayuda a alejar a las ballenas azules y otros mamíferos marinos de los sitios de pesca. Las áreas de monitoreo e investigación en curso incluyen la degradación del hábitat a través de la contaminación en áreas de la población de ballenas azules, como el área del río San Lorenzo en el Atlántico Norte, y el derretimiento del hielo antártico debido al calentamiento global.