El orgánulo que contiene la mayoría de las enzimas hidrolíticas en una célula es el lisosoma. Los lisosomas son orgánulos relativamente pequeños, unidos a la membrana, que las células usan para una variedad de propósitos, como descomponer las moléculas orgánicas y combatirlas. Organismos que causan enfermedades, y la reparación de sus membranas celulares.
Los lisosomas son vitales para la digestión dentro de la célula y utilizan sus enzimas para descomponer los alimentos en formas que la célula puede usar. Si no hay suficiente alimento en el medio ambiente, los lisosomas también son capaces de descomponer otros orgánulos para los materiales necesarios. Cuando se usan para la defensa, los lisosomas pueden destruir patógenos que atacan a una célula o, en animales, pueden ser desplegados por células inmunitarias especializadas para destruir patógenos que ponen en peligro diferentes células. Estas células envuelven patógenos y liberan las enzimas hidrolíticas dentro de los lisosomas en ellos.
Las enzimas dentro de los lisosomas son peligrosas para la célula que las crea. Si la membrana de un lisosoma se escapara, podría digerir la propia célula. Esta membrana está formada por lípidos, mientras que las enzimas que contiene son proteínas. Los lisosomas generalmente se encuentran solo en animales o células similares a animales. Las células vegetales generalmente no tienen lisosomas, ya que sus paredes celulares los protegen de los peligros que los lisosomas normalmente combaten.