Una proteína marcadora existe en la membrana celular y sirve como identificador de la célula. La proteína analiza a los invasores, se une a ellos e induce una respuesta visual para tomar su decisión.
El sistema inmunológico de un cuerpo utiliza proteínas marcadoras para distinguir las células amigables de los invasores extraños. Las proteínas marcadoras son identificadores únicos, tanto como las huellas dactilares humanas, no hay dos iguales.
Estas proteínas juegan un papel importante en cosas como el trasplante de órganos humanos. Si las proteínas marcadoras en el órgano trasplantado son diferentes de las del órgano original, el cuerpo lo rechazará como un invasor extraño.