La cromatografía se utiliza en la ciencia forense para identificar el uso de drogas, diferenciar diferentes polvos de bomba y resaltar la composición química de diferentes sustancias. Como un enfoque que permite a los científicos forenses separar los componentes químicos, la cromatografía puede detectar la sustancia de inmediato, o hace que sea más fácil pasar a una prueba precisa.
Usando la cromatografía de capa fina, los científicos pueden rastrear a los ladrones de bancos. Algunos bancos colocan tintes rojos en medio de paquetes de notas, que explotan como una pequeña bomba cuando los ladrones los toman. Cuando alguien roba un banco, el cajero se asegura de que uno de estos paquetes se entregue a ellos. Aunque este colorante rojo explota e indica que el ladrón es culpable, se necesita una cromatografía para diferenciar entre el colorante y otras fuentes de tinción roja. Como ningún otro tinte tiene la misma composición que la que usan los bancos, identificarlo es una forma sencilla de obtener pruebas.
La cromatografía también se utiliza para diferenciar entre los polvos de pistola y bomba. Los químicos sumergen el polvo en un solvente, lo que puede causar que se descompongan en partes más pequeñas. Las partes más pequeñas se colocan en una máquina de cromatografía líquida de alto rendimiento, que las somete a fuerzas que las hacen entrar y salir de un tubo. Al registrar la velocidad a la que estas sustancias se mueven y medirlas contra los tiempos de retención establecidos, es posible identificar el tipo de polvo.
La prueba de drogas es una aplicación de cromatografía común en la ciencia forense. Al colocar extractos de medicamentos en material de sílice y colocarlos en un solvente, los científicos pueden rastrear el movimiento de las moléculas y medirlas en comparación con los patrones de medicamentos conocidos.