Las partículas atómicas cargadas positivamente se llaman protones. Estas partículas, junto con los neutrones, existen en el núcleo del átomo. Los protones y los neutrones tienen cada uno una masa atómica de uno.
Cada elemento en la tabla periódica se denota por el número atómico del elemento, que equivale al número de protones en su núcleo. El número de protones en el núcleo equilibra el número de electrones, o partículas con carga negativa, por lo que un átomo neutro tiene el mismo número de protones que los electrones. Sólo los iones tienen un número diferente de protones y electrones. Las cargas positivas de los protones atraen las cargas negativas de los electrones, manteniéndolos en órbita. El número de masa atómica de un elemento es el número total de protones y neutrones en el núcleo de un átomo.