La recombinación somática se refiere al proceso que implica la formación de genes de inmunoglobina a través de la recombinación de los elementos genéticos de la línea germinal, o segmentos del gen de inmunoglobina, dentro de un solo locus. Este proceso ocurre en el tejido linfoide primario que es la médula ósea para las células B y el timo para las células T. La recombinación somática precede al contacto con el antígeno y se produce durante el desarrollo de las células B en la médula ósea.
En los mamíferos, los segmentos de los genes de inmunoglobulina se organizan en grupos de exones variables (V), diversidad (D), de unión (J) y constantes (C). En los linfocitos de vertebrados, la recombinación somática combina casi aleatoriamente segmentos de genes variables, diversos y que se unen. La elección aleatoria de diferentes genes da como resultado una codificación diversa de proteínas, antígenos de bacterias, parásitos, virus, células disfuncionales y pólenes.
Un DH y un JH se empalman aleatoriamente con la eliminación de todo el ADN intermedio (unión D-J). A esto le sigue un empalme aleatorio del segmento VH al segmento DJH reordenado. Las secuencias intermedias entre VDJH y CH se transcriben en ARNm primario. En el núcleo, el empalme del ARNm primario produce un mensaje maduro, que se traduce en la cadena H cuando se transporta en el citoplasma. El ADN humano para la cadena H tiene aproximadamente 50 segmentos VH funcionales, 30 segmentos DH y seis segmentos JH. Los dos primeros CDR y tres FR de la región variable de la cadena pesada se someten a codificación por VH.
La formación aleatoria de muchas combinaciones diversas de VJL y VDJH genera diversidad combinatoria. Por otro lado, la unión imprecisa de los segmentos de genes y la adición de nucleótidos a los sitios de empalme de la secuencia de ADN da como resultado una diversidad de unión.
