La cromatografía de gases líquidos implica la vaporización e inyección de una muestra en la parte superior de la columna del cromatógrafo. Luego, la muestra atraviesa la columna como resultado del flujo de gases móviles, La propia columna tiene una fase líquida estacionaria que se absorbe en una superficie sólida inerte. En este punto, se pueden usar varios detectores diferentes, lo que produce diferentes tipos de selectividad.
Es importante que el gas portador sea químicamente inerte, y los gases que se usan frecuentemente incluyen helio, nitrógeno, dióxido de carbono y argón; la elección específica generalmente depende del tipo de detector en uso.
La muestra debe ingresar a la columna como un "tapón" de vapor, ya que una inyección más lenta de muestras más grandes debilita la resolución y ensancha la banda. Más comúnmente, una microjeringa inyecta una muestra en un puerto de vaporizador a través de un tabique de goma en la cabeza de la columna.
Para crear resultados precisos, es importante controlar las temperaturas dentro de la columna en décimas de grado, pero la temperatura óptima varía con el punto de ebullición de la muestra. Una temperatura justo por encima del exceso promedio de la muestra produce un tiempo de elución que oscila entre dos o tres minutos y media hora. Las muestras que tienen un amplio rango de ebullición tienden a responder bien a la programación de temperatura.