Las pruebas bioquímicas son las pruebas más rápidas y fáciles para identificar bacterias porque utilizan principios deductivos para reducir el número de posibles especies presentes muy rápidamente. Además, como las bacterias son microorganismos, la identificación visual no siempre es posible , y nunca es fácil. Las pruebas genéticas son posibles para algunas bacterias conocidas, pero son costosas y requieren mucho tiempo.
Una prueba bioquímica simple para bacterias es la prueba de catalasa. Una de las mejores maneras de reducir el grupo de especies de bacterias potenciales es determinar si la especie en cuestión es anaeróbica, lo que significa que no utiliza oxígeno en su metabolismo. Para realizar la prueba, los técnicos exponen una diapositiva cargada de bacterias a una pequeña cantidad de peróxido de hidrógeno. Luego, los técnicos observan la diapositiva con la ayuda de un microscopio para buscar signos de burbujas. Las burbujas indican que las bacterias son capaces de metabolizar el oxígeno y no son bacterias anaeróbicas.
Los microbiólogos tienen a su disposición muchas pruebas bioquímicas diferentes que pueden ayudarles a deducir la identidad de las bacterias. A menudo, se requiere más de una prueba para identificar una muestra positivamente. La fuente de la bacteria puede proporcionar muchas pistas sobre su identidad. Los técnicos que realizan pruebas rutinarias de muestras similares suelen ser expertos en utilizar la menor cantidad de pruebas posible.