A partir de septiembre de 2015, si bien no se han presentado quejas oficiales ante el Better Business Bureau, o BBB, contra la Clínica Médica del Instituto de Bienestar Whitaker, se han presentado numerosas quejas de consumidores ante el Consejo Nacional contra el Fraude de Salud o NCAHF. Estas quejas incluyen la promoción de megavitaminas de Whitaker para usos inapropiados y el hecho de que el Dr. Whitaker, un profesional de la medicina alternativa, no está certificado por la junta en medicina preventiva, según el Consejo Nacional contra el Fraude en la Salud.
Una queja común contra el Dr. Whitaker es que tergiversa los puntos de vista de la profesión médica en general, explica el Consejo Nacional contra el Fraude en la Salud. Por ejemplo, en su sitio web en DrWhitaker.com, describe "Las tres mentiras más grandes que dice la profesión médica", incluyendo "la enfermedad simplemente ocurre", "las personas mayores siempre tienen problemas médicos" y "no hay nada que puedas hacer al respecto". Estas afirmaciones son falsas porque la medicina regular no cree ni avanza estas proposiciones. Esto se denomina táctica del "hombre de paja" y se usa para hacer que Whitaker parezca superior a otros médicos.
Otra queja contra el Dr. Julian Whitaker es que es un promotor de la terapia de quelación para enfermedades vasculares, señala el Consejo Nacional contra el Fraude en la Salud. La terapia de quelación es un proceso químico en el que se inyecta una solución sintética en el torrente sanguíneo para eliminar los metales pesados o minerales del cuerpo. Aunque está aprobada para la desintoxicación de metales pesados, la terapia de quelación no está aprobada para enfermedades vasculares o cualquier otro problema médico, pero el Dr. Whitaker la usa con frecuencia.
