La contaminación del río proviene de una variedad de fuentes diferentes, incluidas las operaciones agrícolas, las descargas industriales, las plantas de tratamiento de aguas residuales y la escorrentía de aguas pluviales, que transportan contaminantes a las vías fluviales. Las fuentes se clasifican como fuentes puntuales si la contaminación proviene de una fuente única e identificable y fuentes no puntuales si la contaminación es el resultado de la escorrentía en un área amplia. Dado que los ríos provienen de muchas fuentes, pueden contener muchos contaminantes diferentes.
La contaminación de fuente puntual es el tipo de contaminación de río más fácil de corregir, ya que se puede rastrear a una sola fuente. Una operación industrial puede descargar accidentalmente contaminantes no tratados en un río, o una inundación en una planta de tratamiento de aguas residuales puede hacer que las aguas residuales fluyan hacia una vía fluvial. Estos derrames pueden ser masivos y liberar grandes cantidades de contaminantes en un corto período de tiempo, pero una vez que se corrige el problema, el río puede recuperarse con el tiempo.
La contaminación de fuentes no puntuales es mucho más difícil de manejar. A medida que la lluvia o el agua de la inundación fluye sobre la tierra, recoge cualquier contaminante presente. El petróleo y la grasa de las carreteras, el exceso de nitrógeno y los pesticidas de las tierras de cultivo, los metales pesados de las operaciones de extracción y desguace y los sedimentos sueltos pueden llegar al río, llevados a través del ciclo del agua por escorrentía.