El estreñimiento no es un efecto secundario asociado con la fórmula de soya. La fórmula de soya es un tratamiento para el estreñimiento en bebés. El Instituto Nacional de Salud clasifica la fórmula infantil de soya como una sustancia de mínima preocupación con respecto a los efectos secundarios.
Además de su uso para el estreñimiento, la fórmula de soya se prescribe a los bebés con alergias a la leche. El tres por ciento de los bebés en los Estados Unidos tiene alergias a la leche, y la mayoría eventualmente los superan. La leche de soya es el tratamiento más común para esta alergia, y es nutricionalmente equivalente a la fórmula de leche de vaca. La fórmula de soja comprende el 12 por ciento de todas las ventas de fórmulas en los Estados Unidos a partir de 2014, lo que representa una disminución del 50 por ciento en las ventas desde su punto máximo en 1999.
El único efecto secundario documentado de la fórmula de soya en humanos es el efecto que tiene sobre las personas con alergia a la soya. Los estudios en animales muestran una correlación entre el alto consumo de soja y la pubertad temprana debido al aumento de los niveles de estrógeno, pero este hallazgo no se confirma en los seres humanos. El Instituto Nacional de Salud y el Departamento de Agricultura de EE. UU. Citan estudios a largo plazo como evidencia de que la fórmula de soja es una alternativa segura a la fórmula de leche de vaca, aunque ambas agencias alientan a los padres a alimentar a los bebés con leche materna en lugar de fórmula siempre que sea posible.