El yodo se usa a menudo para teñir las células de cebolla antes del examen microscópico para mejorar la visibilidad de las células. Muchas células, incluidas las de las cebollas y otras verduras, a menudo son transparentes. Cuando las células sin teñir se observan bajo un microscopio, la luz pasa directamente a través de las diversas estructuras de las células, revelando poco o ningún detalle. Por el contrario, cuando se usan yodo u otros tintes, la célula absorbe el colorante en sus diversos orgánulos y estructuras, lo que bloquea la luz y permite que el ojo del observador detecte los detalles de la célula.
El yodo no es el único colorante utilizado en los exámenes microscópicos. El yodo, el colorante para alimentos, el verde malaquita y el azul de metileno son tintes comunes y de fácil acceso. El verde malaquita y el azul de metileno están disponibles en tiendas especializadas en acuarios, pero el yodo y el colorante para alimentos están disponibles en la mayoría de las farmacias y supermercados.
Los diferentes tipos de estructuras celulares funcionan mejor con diferentes tintes. Debido a esto, los científicos pueden usar un tinte que se adapte al orgánulo específico. Además, los científicos pueden usar múltiples tintes que resaltan muchas partes diferentes de las células de una planta o animal. Los científicos siempre deben tener cuidado porque los tintes no solo tiñen las células. También pueden manchar las manos y la piel de los científicos.