No se recomienda destilar una solución a sequedad porque el residuo que queda en el matraz de destilación puede causar una ignición o una explosión. Una consecuencia similar puede ocurrir si las juntas del aparato no están bien aseguradas. .
Las precauciones de seguridad son importantes cuando se realizan destilaciones simples y fraccionadas, ya que los individuos que realizan el experimento y los que se encuentran en las áreas circundantes pueden sufrir daños. Para empezar, los experimentos de destilación deben llevarse a cabo en áreas amplias y bien ventiladas. Donde hay un flujo libre de aire, hay menos espacio para que se acumulen vapores dañinos.
Los equipos de extinción de incendios, como los extintores, deben estar al alcance cuando se realizan experimentos de destilación. Esta es una precaución importante, especialmente cuando se trabaja con líquidos inflamables como el etanol. Recolecte el destilado de manera segura y no fume para minimizar el riesgo de incendio.
Al realizar un experimento de destilación, se aconseja que la temperatura se controle constantemente, para que los líquidos no hiervan de forma incontrolable. Donde la fuente de calor es eléctrica, se recomienda que se instale un interruptor en la línea eléctrica. Además, los sistemas cerrados nunca deben calentarse porque el vidrio puede explotar debido al aumento de la presión.