Los monos araña están en peligro principalmente debido a la pérdida de hábitat y la caza. Su tasa de reproducción lenta también los hace vulnerables, ya que una hembra mono araña solo tiene un bebé cada dos o cuatro años.
La pérdida de hábitat del mono araña se produce debido a la tala de bosques, así como a la tala para el uso de la tierra como la agricultura de tala y quema, la ganadería y la agricultura comercial para cultivos como el café, el cacao y la soja. Las plantaciones de madera reemplazan a los bosques indígenas. La extracción de bauxita, arcilla, granito y arena provoca la deforestación, la erosión y la contaminación de los suministros de agua dulce. La cosecha ilegal de palma diezma rodales enteros de palmeras. Las carreteras, las tierras agrícolas y las áreas urbanas interrumpen los hábitats y, debido a que prefieren el crecimiento antiguo y evitan las áreas perturbadas, los monos araña no responden bien a la fragmentación del hábitat. En algunas zonas, los monos araña se cazan para el deporte y para la comida. También son capturados para el tráfico de mascotas.
A partir de 2014, los esfuerzos para proteger a los monos araña incluyen investigaciones sobre el tamaño y el estado de las poblaciones actuales, la efectividad de las áreas protegidas y el alcance de la caza furtiva. Se han establecido varios parques nacionales, parques estatales y áreas de protección ambiental en países de América del Sur como Brasil, Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela. Sin embargo, en algunas áreas, la presencia de insurgentes políticos y militares, así como la falta de guardaparques, hace que la ejecución sea problemática.
