El río Missouri comienza cerca de Three Forks, Montana, y corre hasta que se fusiona con el río Mississippi cerca de St. Louis, Missouri. El río Missouri se extiende a lo largo de 2,341 millas.
Las aguas del río Missouri provienen de donde convergen los ríos Jefferson, Madison y Gallatin. El río era muy propenso a las inundaciones cuando el área comenzó a ser colonizada por colonos europeos. Estas inundaciones fueron una parte clave del ecosistema en el área. Hoy en día, el río está confinado por 15 represas a lo largo de su ruta principal, y las represas han alterado las inundaciones y la ruta del río. El área conocida como el Valle de Missouri ahora es muy poblada y no se inunda como lo hizo en el pasado, pero estas acciones han afectado la calidad del agua y han cobrado un alto precio en los peces y la vida silvestre.