El número de huesos varía de una especie de ballena a otra y depende, en parte, de la longitud de la columna vertebral de la ballena. Los cachalotes contienen 164 huesos, mientras que la ballena azul, la más grande Animal en la tierra, tiene 356 huesos.
El esqueleto de una ballena contiene un cráneo, una columna vertebral y una caja torácica, además de los huesos que forman sus aletas. El esqueleto dentro de la aleta de una ballena parece una versión de una mano humana; que contiene un hombro, la parte superior del brazo, los huesos de la parte inferior del brazo, los huesos de la muñeca y las falanges, o huesos tipo dedo. Las ballenas también contienen varios huesos pequeños que flotan hacia sus colas. Los científicos creen que estos son vestigios de lo que alguna vez fueron patas traseras.