El cuerpo de una medusa se compone principalmente de agua, junto con una sustancia gelatinosa llamada mesoglea, tentáculos, una boca y una capa delgada de piel. Su cuerpo es alrededor del 90% del agua y la piel es de una sola célula de espesor.
La medusa no tiene cerebro, corazón ni ningún otro órgano. De hecho, las medusas ni siquiera tienen cabeza. En lugar de un sistema nervioso, tienen una red móvil de nervios que se posiciona a lo largo de su epidermis, que se llama "red nerviosa". Las medusas tienen órganos sensibles a la luz llamados ocelos, que identifican la luz pero no las imágenes. Las medusas de caja tienen ojos más superiores, algunos de los cuales pueden identificar el color.
Los tentáculos de las medusas se usan para picar y atrapar a sus presas. El aguijón de los tentáculos de una medusa de caja es tan poderoso que puede matar a un ser humano en minutos.