Un espectrómetro de masas es un instrumento costoso que no puede distinguir entre isómeros ópticos o geométricos. Se utiliza para analizar la masa, la fórmula y la estructura de un compuesto, midiendo la relación de masa a masa de los fragmentos. .
Un espectrómetro de masas no puede distinguir entre isómeros geométricos de un compuesto. Los isómeros geométricos son compuestos que tienen la misma fórmula molecular pero diferente fórmula estructural; Estos se denominan como isómeros cis y trans. Por ejemplo, considere el compuesto orgánico 1,2-dicloroeteno. Un espectrómetro de masas no puede distinguir e identificar los dos isómeros geométricos de este compuesto, a saber, trans-1,2-dicloroeteno y cis-1,2-dicloroeteno.
Los espectrómetros de masas no pueden distinguir entre los isómeros ópticos. Los isómeros ópticos son imágenes especulares no superponibles entre sí y se denominan enantiómeros. Por ejemplo, la alanina es un aminoácido que se compone de las formas (+) y (-). Los enantiómeros reaccionan de manera diferente a la luz polarizada plana.
Los espectrómetros de masas no pueden distinguir entre los sustituyentes orto (o), meta (m) y para (p) de compuestos aromáticos. La disustitución puede ocurrir en tres orientaciones diferentes en un compuesto aromático. El 1,2-disustituido se denomina anillo orto-aromático, mientras que el 1,4-disustituido se denomina como anillo para-aromático. El 1,3-disustituido se denomina anillo meta-aromático.Los espectrómetros de masas no logran identificar iones fragmentados similares en los hidrocarburos. El proceso de ionización a veces produce demasiada fragmentación, por lo que no podemos determinar si el ion de masa más alta es un ion molecular de hidrocarburos.
