Una desventaja de la química verde es que el cambio de un producto o proceso anterior a uno nuevo lleva tiempo. Un rediseño del nuevo proceso o producto suele ser difícil, y existe una falta de unidad en lo que se considera más seguro.
Otra área de preocupación con la química ecológica o sostenible es reemplazar los pesticidas tradicionales o productos químicos utilizados en la agricultura con bioplaguicidas, que son pesticidas derivados de materiales naturales como plantas y animales. Sin embargo, el proceso es lento, porque a gran escala, los costos de producción son altos.
La química verde promueve el diseño de productos químicos y procesos que reducen la producción de sustancias peligrosas.
