La calcita ocurre como estalactitas y estalagmitas en las cavernas y también se encuentra en depósitos minerales en aguas termales. Constituye las conchas de organismos marinos como bivalvos y equinodermos.
La calcita se encuentra en rocas sedimentarias, principalmente piedra caliza, que está formada por las conchas de organismos marinos muertos.
En las cuevas de piedra caliza, el agua de lluvia gotea sobre las rocas y recoge dióxido de carbono y otros minerales de la piedra caliza. Esta combinación crea bicarbonato de calcio, que es esencialmente una versión disuelta de calcita, en el agua. El agua gotea del techo y deja una calcita que se convierte en una estalactita con el tiempo. Una estalagmita se forma cuando la estalactita gotea agua en el suelo de la cueva y la agua se acumula en una pila creciente con el tiempo.
La calcita está presente en las conchas de almejas, corales, cangrejos y otros organismos marinos. También está presente en las partes duras de las algas rojas, algunos gusanos tubulares y algunas esponjas. Se encuentra en rocas volcánicas o rocas del manto como la kimberlita, carbonatitas y peridotitas.
La cueva del río Snowy en Nuevo México contiene un lecho de calcita blanca, que se atribuye a los microorganismos y al agua subterránea que disuelven las paredes de la cueva con el tiempo.
Los cristales de calcita más grandes jamás registrados se descubrieron en Islandia y pesaban alrededor de 250 toneladas.
