El sistema excretor elimina las sustancias potencialmente tóxicas que se acumulan a partir de los procesos metabólicos. En los mamíferos, los órganos primarios utilizados para filtrar la sangre de productos químicos en exceso, especialmente los desechos nitrogenados, son los riñones. Otros órganos involucrados incluyen los uréteres que transportan la orina a la vejiga, que almacena los desechos hasta que se pueden excretar a través de la uretra.
En los mamíferos, la orina se utiliza para recolectar desechos nitrogenados en forma de ácido úrico o, como en los humanos, urea. La urea es un producto químico soluble en agua, por lo que el cuerpo puede usar fácilmente el exceso de agua para eliminarla. El ácido úrico, por otro lado, no es soluble en agua y se excreta como un sólido por especies como las aves con muy poca agua. Muchas especies también lo utilizan en climas áridos donde el uso de agua para su excreción sería un desperdicio excesivo.
Los riñones absorben grandes cantidades de agua y sustancias químicas, pero la gran mayoría se devuelve a la sangre. Los riñones son al menos tan necesarios para regular el balance de líquidos en el cuerpo como para excretar desechos. Otros órganos involucrados en el sistema excretor incluyen el hígado y la piel, que eliminan algunos materiales tóxicos y de desecho mediante la sudoración.