La diferencia clave es que el almidón es convertido por las plantas, mientras que el glucógeno es convertido por los animales. Sin embargo, tanto el almidón como el glucógeno son polímeros polisacáridos de alfa glucosa.
El almidón puede estar en forma de amilosa, con cientos de anillos de glucosa unidos por enlaces a-1,4, o amilopectina, que puede contener miles de anillos de glucosa unidos por una combinación de a-1,4 y -1,6 enlaces.
El glucógeno es el medio por el cual los animales almacenan la glucosa para su uso posterior. Tiene enlaces a-1,4 y a-1,6, como la amilopectina, lo que permite muchas ramas moleculares y, en consecuencia, una mayor área de superficie para una conversión más rápida por hidrólisis a glucosa.