La raza con la que se mezcla un Chihuahua es desconocida. Hay muchas ideas sobre el origen de la raza, pero no hay pruebas de que alguna sea verdadera.
Algunos creen que la raza proviene de la región de América Central y del Sur y se desarrolló a través de la cría del perro Techichi. Otros creen que el Chihuahua se originó en China y fue importado a los Estados Unidos donde se crió con perros nativos más pequeños. Otros creen que la raza se derivó del zorro Fennec, nativo de Sudáfrica.
Incluso con la evidencia de que los chihuahuas han existido desde la antigüedad, se dice que se originó en México y lleva el nombre del estado de Chihuahua ubicado en ese país.