Andrew Weil, MD, recomienda comenzar el tratamiento con probióticos al mismo tiempo que comienza la prescripción de antibióticos. Los probióticos se pueden tomar con alimentos en el desayuno y la cena, y no se deben suspender hasta algunos días. Después de la ronda de antibióticos está completa. Weil recomienda utilizar marcas que contengan miles de millones de unidades formadoras de colonias, así como las cepas Bacillus coagulans (BC-30) o Lactobacillus GG.
NowFoods destaca la importancia de proteger la integridad de los cultivos de bacterias vivas siguiendo las instrucciones de almacenamiento recomendadas por el fabricante. Los probióticos líquidos deben almacenarse en el refrigerador para mantenerlos frescos, y se recomienda que las cápsulas y tabletas se traten de la misma manera. Si esto no es posible, las cápsulas y las tabletas deben almacenarse en un lugar fresco y seco, lejos del calor y la humedad. Los probióticos a menudo se venden con paquetes de frescura para controlar su exposición a los efectos ambientales perjudiciales. La potencia de estos suplementos disminuye lentamente a una tasa de aproximadamente el 5 por ciento cada mes durante varios meses hasta que finalmente se vuelven inútiles. Almacenar los probióticos en el refrigerador ayuda a disminuir esta tasa de disminución y prolonga su eficacia. Por este motivo, Weil aconseja a las personas que se mantengan al tanto de la fecha de vencimiento de los probióticos y que los reemplacen si esta fecha caduca.