Los científicos no están seguros de los movimientos corporales exactos involucrados en la cópula de estegosaurios porque no hay ejemplos modernos disponibles; sin embargo, tienen varias teorías basadas en los descendientes vivos de los dinosaurios. Ciertamente el macho no montó a la hembra como la mayoría de las especies animales. En cambio, es posible que se acuesten boca abajo, o que la hembra se acueste mientras el macho se coloca a su lado. Los científicos incluso sugieren que podrían haber estado de espaldas.
Es un hecho conocido que los dinosaurios, incluido el estegosaurio, pusieron huevos. Biológicamente, entonces, el tiempo necesario para la reproducción era mínimo, aunque tenían que tener una intimidad física real, a diferencia de los peces. En cambio, al igual que las aves modernas, es posible que una pequeña cantidad de esperma depositada en la hembra pueda fertilizar los huevos durante varias semanas.
Dado que en este momento no se han localizado tejidos blandos conservados ni impresiones de tejidos blandos de ningún dinosaurio, es imposible saber cómo se reproducen estas criaturas muy huesudas y espinosas. Sin embargo, al igual que los puercoespines y los erizos modernos, está claro que se reproducieron durante miles de años. La naturaleza siempre encuentra un camino, y es posible que los órganos genitales, tanto masculinos como femeninos, tengan una forma especial para permitir que el proceso se lleve a cabo sin demasiada dificultad.