El tamaño de una ballena jorobada completamente crecida disuade a todos, excepto a los depredadores marinos más agresivos, de atacarlos. Además, las ballenas suelen nadar en grandes grupos llamados "vainas" para proteger a las más pequeñas y débiles. y la juventud. Las madres con terneros que nadan dentro de una vaina están acompañadas por ballenas de "escolta", que siguen un poco fuera de la vaina para protegerse contra la agresión de grupos jorobados que compiten.
Las ballenas de compañía ahuyentan las amenazas potenciales haciendo volar pantallas de burbujas a través de sus agujeros. Las vainas grandes pueden tratar de protegerse a sí mismas agitándose violentamente, balanceando sus colas contra el agua y golpeando la superficie del agua con sus colas. Expresan este comportamiento hacia otras vainas de ballenas e incluso hacia grupos de barcos si se acercan demasiado.
Los depredadores de la ballena jorobada incluyen humanos, tiburones grandes y orcas. Los científicos teorizan que una de las razones por las que las jorobadas se reproducen en la costa de Hawai es evitar la depredación de las orcas, que favorecen las aguas más frías. Los tiburones, como la gran presa blanca de estos grupos de reproducción, migran, se arrastran hacia atrás y atrapan a las ballenas más lentas. En los casos de depredación de tiburones, la estrategia del depredador es que la ballena desangre y atraiga a más tiburones a la escena. El tamaño y la fuerza de la ballena es demasiado grande para que un solo tiburón desaparezca en una pelea.