Las ardillas se protegen a sí mismas corriendo, escondiéndose y luchando. Pelear, como rascarse y morder, suele ser un último esfuerzo para las ardillas. Correr e incluso camuflarse son sus primeros instintos cuando se enfrentan a un posible peligro.
Según Welcome Wildlife, las ardillas corren e incluso nadan cuando evaden a los perseguidores. En otras ocasiones, permanecen perfectamente inmóviles y se camuflan contra la corteza de los árboles. A las ardillas también les gusta mantener objetos como troncos de árboles entre ellos y el peligro. Debido a que los árboles son tan importantes para sus defensas naturales, las ardillas cazan y construyen nidos en ellos.
Algunas especies de ardillas son más agresivas que otras. Por ejemplo, las ardillas rojas de Minnesota tienen más probabilidades de luchar contra los atacantes si deben hacerlo. Este comportamiento agresivo se extiende a otras ardillas incluso de la misma especie. Son ferozmente territoriales, y cada ardilla tiene su propio acre o dos de espacio.
La ardilla de tierra de California, por otro lado, desarrolló técnicas de protección específicas a través de la evolución y la adaptación. Esta especie es inmune al veneno de la serpiente de cascabel del Pacífico Norte, su vecino y depredador natural. Esta especie también señala con su cola, llamada bandera de cola, para advertir a la serpiente y hacerle saber a la serpiente que sabe que la serpiente está allí.
