La locomoción en el reino protista es variada y extremadamente versátil. Las amebas utilizan procesos citoplásmicos llamados pseudópodos, mientras que los paramecios tienen filas de cilios que se mueven al unísono como pequeños remos. Euglena y los dinoflagelados usan proteínas similares a látigos llamadas flagelos para nadar, y algunos protozoos, como las diatomeas y el plasmodio (el organismo que causa la malaria), no son móviles, lo que significa que no se mueven independientemente.
Los cilios y flagelos muestran una gran similitud con las estructuras observadas en las bacterias. Esto sugiere que las proteínas motoras surgieron muy temprano en el curso de la evolución. Otros eucariotas, incluidos los humanos, han conservado estas estructuras útiles. En el tracto respiratorio humano, las células epiteliales ciliadas barren las bacterias en el aire y los desechos de las vías respiratorias hacia la garganta, donde el reflejo de la tos los expulsa del cuerpo. En cuanto a los flagelos, los espermatozoides contienen proteínas similares en sus colas que les permiten nadar.
Los pseudopodios como medio de locomoción permanecen en gran parte confinados a las amebas; No obstante, algunos tipos de células humanas conservan esta característica. Los glóbulos blancos fagocíticos, llamados macrófagos, usan una estructura similar a un pseudópodo para engullir bacterias y esporas de hongos. Los megacariocitos (células gigantes en la médula ósea) se extienden a múltiples procesos similares a pseudópodos y luego se separan de fragmentos citoplasmáticos para formar plaquetas.
