Las bacterias obtienen energía al ingerir otros organismos y compuestos orgánicos o al producir su propio alimento. Las bacterias que producen su propio alimento se denominan autótrofos. Las bacterias que deben consumir otras moléculas orgánicas para obtener energía se llaman heterótrofos.
Hay dos tipos generales de heterótrofos. Algunos heterótrofos suministran todas sus necesidades energéticas al disolver y absorber o ingerir otros organismos, y se denominan heterótrofos quimiotróficos. Por el contrario, algunas bacterias producen algo de su propia energía al aprovechar la luz solar, pero compensan el equilibrio de sus necesidades de energía mediante la absorción de moléculas orgánicas.
Los autótrofos también ocurren en dos tipos primarios. Hay autótrofos quimiotróficos, que absorben moléculas inorgánicas, como los sulfuros, y los convierten en energía, así como autótrofos fototróficos que producen su propia energía al absorber la luz solar. En general, las bacterias obtienen su energía de diversas maneras, lo que permite que algunos tipos de bacterias vivan en casi todas partes.
Aparte de estos cuatro grupos de bacterias que obtienen energía de diferentes maneras, las bacterias también respiran de diferentes maneras. Muchos organismos son aeróbicos y dependen del oxígeno, al igual que los animales. Otras bacterias son anaeróbicas, lo que significa que viven en un ambiente sin oxígeno. Otras bacterias pueden vivir en ambientes ricos en oxígeno o agotados. Estas bacterias flexibles se llaman anaerobios facultativos.
