La identificación de los coyotes implica observar el tamaño, el color y las características físicas, así como escuchar vocalizaciones. Los coyotes son más pequeños que los lobos y son aproximadamente del tamaño de un pequeño pastor alemán. Tienen caras largas y puntiagudas, hocicos estrechos y grandes orejas triangulares. Los coyotes pueden variar en color de gris a rojizo o marrón claro. Tienen abrigos gruesos que a menudo los hacen parecer más grandes de lo que realmente son.
Los coyotes también tienen largas colas con una punta negra. Mientras que los zorros corren con sus colas apuntando hacia afuera, los coyotes se mueven con sus colas apuntando hacia abajo. La única vez que un coyote sostiene su cola horizontalmente es cuando muestra agresión. Los zorros tienen una diferencia de color y una variación en sus patas en contraste con los coyotes que tienen el mismo color general. Además, los coyotes tienen ojos amarillos distintivos que les ayudan a ver con poca luz.
Otra forma de identificar a los coyotes es escuchar sus llamadas. Son una serie de aullidos, ladridos y aullidos agudos. Los ladridos a menudo pueden sonar como un perro doméstico. Las pistas de coyote también pueden ayudar en la identificación. Las huellas de la pata delantera son más grandes que la parte trasera que tienen almohadillas para los pies claramente más pequeñas. Los coyotes también tienen marcas de garras que son visibles cuando el suelo está blando.
