Júpiter tiene una atmósfera seca y espesa; Vientos de alta velocidad, turbulencias y tormentas de larga duración son comunes. El clima en Júpiter es muy diferente del que se encuentra en un planeta rocoso como el de la Tierra.
Los vientos en la atmósfera superior de Júpiter se han registrado a más de 220 millas por hora. Los científicos no saben exactamente cómo es Júpiter debajo de las nubes. Sin embargo, la mayoría piensa que la atmósfera tiene aproximadamente 30 millas de espesor y contiene dos capas de nubes. La capa inferior de nubes es gruesa y opaca, mientras que la capa superior es delgada y transparente. Se desconoce qué hay debajo de las nubes más gruesas, pero la mayoría de los científicos dudan de que Júpiter tenga una verdadera superficie que forme el límite entre el planeta y su atmósfera. Es posible que la "superficie" sea una bola de gases congelada y en suspensión.
Júpiter tiene un famoso punto rojo que ha persistido durante al menos los últimos cientos de años. El punto rojo se registra en prácticamente todos los registros históricos de los astrónomos que estudiaron el planeta. Los científicos sospechan que el punto rojo gigante es en realidad un huracán o un tornado en Júpiter. Sin embargo, esta tormenta es mucho más grande que cualquier tormenta en la Tierra. El punto rojo se encoge y crece con el tiempo, pero en su mayor tamaño, se acerca a 25,000 millas de diámetro.