El núcleo controla indirectamente lo que sucede en un lisosoma al producir ADN que se copia en una proteína, que luego se une al ADN que forma lisosomas. Los lisosomas, pequeños sacos llenos de enzimas, son responsables de la digestión de partículas extrañas o moléculas en exceso en la célula. Este primer tipo de ADN tiene el poder de activar ciertos genes en el ADN de construcción de lisosomas, controlando así las características y funciones de los lisosomas.
El gen que controla la producción de lisosomas en el núcleo se llama TFEB. Un gen TFEB puede producir muchas proteínas duplicadas, cada una de las cuales se une a nuevos genes trabajadores y los activa. Dentro del núcleo mismo, las proteínas llamadas factores de transcripción son responsables de activar el TFEB. Lo transforman de ADN a ARN, que puede copiarse en una proteína. Por lo tanto, el núcleo tiene control sobre la cantidad de proteínas creadoras de lisosomas y con qué rapidez. Según Science Magazine, si hay una sobreproducción del gen TFEB, también hay una sobreproducción de lisosomas.
Las enzimas que se encuentran en los lisosomas no son producidas por el núcleo sino por un orgánulo llamado aparato de Golgi. Estas enzimas son capaces de digerir proteínas, azúcares, grasas y otros lípidos, ácidos nucleicos y bacterias dañinas de fuera de la célula.
