Las bacterias ayudan a mantener la salud de los ecosistemas al descomponer la materia muerta y el ciclo de nutrientes en formas utilizables. Las bacterias viven en todos los entornos y proporcionan la mayor parte del oxígeno en la Tierra.
Las bacterias son descomponedores que descomponen los materiales orgánicos en el suelo. Por ejemplo, las bacterias ayudan a descomponer la materia muerta, como los árboles caídos, en nutrientes utilizables para los organismos vivos dentro del ecosistema. El resultado de la descomposición de la materia muerta da como resultado un suelo más rico que puede soportar diversos ecosistemas.
Las bacterias ciclan nutrientes, incluidos nitrógeno y carbono, para transformar los nutrientes en formas utilizables. Por ejemplo, las bacterias transforman el carbono en dióxido de carbono, que es necesario para la fotosíntesis, el proceso que permite a las plantas producir energía a partir de la luz. Sin bacterias, los productores primarios dejarían de sobrevivir. La producción de oxígeno es un resultado directo de la actividad bacteriana. Por ejemplo, las cianobacterias, una bacteria que está presente en los océanos, produce una cantidad significativa de oxígeno disponible en la Tierra.
Las bacterias transforman el nitrógeno en nitratos o nitritos, que son formas de nitrógeno que las plantas pueden usar para crecer. Algunas plantas, como los frijoles, almacenan bacterias productoras de nitrógeno en sus sistemas de raíces para asegurar un crecimiento adecuado. Las bacterias también viven dentro de los animales, y son utilizadas por esos animales para descomponer los alimentos en nutrientes utilizables. Por ejemplo, las vacas y las jirafas usan bacterias en el estómago para descomponer la materia vegetal de modo que la comida sea más fácil de digerir, permitiendo que los animales coman alimentos de baja calidad para sobrevivir.