Los moldes pertenecen al reino conocido como hongos. Este reino es parte del sistema de clasificación de cinco reinos introducido por R.H. Whittaker en 1959 que otorgó a los hongos el mismo estatus que las plantas y animales. Los mohos, así como otros hongos, son organismos eucarióticos que se consideran distintos de las plantas y los animales.
Además de pertenecer al reino de los hongos, los mohos se pueden colocar en varios filos de hongos, que incluyen Zygomycota, Ascomycota, Oomycota, Basidiomycota y Chytridiomycota. Zygomycota contiene un moho que se encuentra en el pan conocido como Rhizopus stolonifera. Los mohos negros se encuentran en el phylum Ascomycota. Oomyota contiene mohos de agua saprófita y moho azul de tabaco.