La separación de la sangre se produce porque la llegada de la sangre se cronometra independientemente a través de las aurículas. Si la sangre llega a través de ambas aurículas simultáneamente, se produce la mezcla, pero esto puede ser en mayor o menor grado dependiendo de la temperatura corporal y el estado de actividad del animal.
Una vez que la sangre alcanza el cono arterioso, se extrae por los tres canales del tronco arterioso, la entrada al sistema circulatorio, y luego se desplaza por el resto del cuerpo reptiliano. El cono conduce a tres sistemas distintos, el sistema de tronco pulmonar y los sistemas de tronco sistémico izquierdo y derecho.
Los corazones de los mamíferos están orientados hacia una actividad constante y altos niveles de movimiento y esfuerzo, mientras que los corazones reptiles funcionan mejor en ráfagas cortas y requieren que el animal descanse con frecuencia y trabaje para controlar la temperatura de su cuerpo. Los niveles más bajos de oxígeno en la sangre hacen que los reptiles se vuelvan más lentos y propensos a dormir.