Fuera de los seres humanos, las águilas calvas tienen muy pocos enemigos naturales, y las águilas adultas no tienen depredadores naturales. Los polluelos, los cuervos, los halcones, los búhos, las otras águilas gatos monteses, osos negros y mapaches.
Dado que los nidos de águilas suelen estar en lo alto de los árboles y son muy grandes, los carnívoros que son pobres escaladores rara vez tienen acceso a los huevos y crías, y las águilas calvas están lo suficientemente atentas como para proteger a sus crías de los daños en la mayoría de los casos. Sin embargo, el acceso deficiente a los alimentos puede dejar a los jóvenes vulnerables, ya que los padres deben cazar más tiempo y más lejos del nido para mantener a sus hijos.
