Todos los cuerpos de agua en la tierra son biomas acuáticos. Los biomas acuáticos son los más grandes de todos, porque el agua cubre aproximadamente las tres cuartas partes del planeta y se dividen en dos categorías principales: marina y de agua dulce.
Los biomas marinos son de agua salada e incluyen océanos, estuarios y arrecifes de coral. Estos biomas albergan innumerables especies de animales y plantas. La mayor parte del oxígeno del mundo es proporcionado por las algas que se encuentran en la región marina. Los océanos son el bioma marino más grande. Los biomas oceánicos se dividen en cuatro subcategorías: intermareal, pelágica, abisal y bentónica. Los arrecifes de coral se encuentran en aguas marinas poco profundas y cálidas. Los estuarios se forman cuando el agua dulce fluye hacia el agua salada, dando como resultado un ecosistema acuático diverso.
Los biomas de agua dulce incluyen lagos, ríos, estanques, pantanos y humedales que contienen una menor concentración de sal que los biomas marinos. Los lagos y los estanques son mucho más pequeños que los océanos y albergan solo una fracción de las especies que se pueden encontrar en los océanos. Estos cuerpos de agua se dividen en dos subcategorías de biomas: la zona litoral y la zona limnética.
Los humedales incluyen claros, pantanos y marismas. Estos son generalmente cuerpos de agua muy grandes y albergan una gran variedad de plantas acuáticas y animales. Los ríos y arroyos también forman parte del bioma de agua dulce. Debido a que estos cuerpos de agua se mueven constantemente, las especies de plantas y animales son extremadamente diversas y varían según las condiciones y la temperatura del agua.