Los lisosomas contienen sustancias digestivas que degradan las sustancias extrañas. Las sustancias digestivas en los lisosomas son enzimas que se producen en los ribosomas, tipos de orgánulos que producen proteínas y se encuentran en una estructura llamada retículo endoplásmico rugoso. Estas enzimas son empaquetadas en lisosomas por otros orgánulos llamados aparatos de Golgi.
Las enzimas en los lisosomas descomponen sustancias biológicas, como las proteínas, los carbohidratos, las grasas y los ácidos nucleicos. Estas sustancias pueden provenir de un orgánulo antiguo, una fuente de alimento o un agente extraño, como un virus.
Los lisosomas primarios se originan en el aparato de Golgi. Estos lisosomas se fusionan con los fagosomas para convertirse en lisosomas secundarios. Los fagosomas son vesículas que se forman cuando una parte de la membrana plasmática de una célula envuelve y envuelve una partícula de alimento. Las enzimas digestivas luego ingresan al fagosoma a partir de la fusión del lisosoma, rompiendo así el contenido del fagosoma.