Algunas de las desventajas de la ingeniería genética son los riesgos para la salud, los impactos ambientales, los impactos en la agricultura y la industria, y los problemas éticos que pueden surgir de la ingeniería. Las desventajas difieren según el tipo de ingeniería genética que se está llevando a cabo. La ingeniería genética agrícola es más probable que afecte la salud, y la ingeniería animal tiene más probabilidades de afectar el medio ambiente.
La principal desventaja de la ingeniería genética es el riesgo que representa para la salud. Algunos detractores afirman que los cultivos de ingeniería genética son intrínsecamente inseguros, pero esto no puede verificarse realmente porque gran parte de los datos sobre los impactos en la salud están controlados por la industria de la ingeniería genética. Lo que los científicos saben es que los peligros para la salud están presentes. En 1996, en Brasil, y en 1990 en Estados Unidos, se documentaron casos de alimentos modificados genéticamente que causaron reacciones alérgicas, la transmisión de enfermedades e incluso la muerte.
Otra desventaja de la ingeniería genética son los problemas que causa el medio ambiente. Los cultivos diseñados pueden volverse tóxicos para la vida silvestre que necesita el alimento para sobrevivir, y la ingeniería también ha creado tipos de malezas que son resistentes a los pesticidas. Estas nuevas "súper malezas" pueden ahogar los cultivos y destruir la agricultura y los hábitats.
Ciertos problemas éticos son planteados por la ingeniería genética. Los estudiosos, políticos y científicos han debatido el uso de la ingeniería para mejorar los seres humanos, animales y plantas. Las organizaciones como Greenpeace se oponen vehementemente al uso de la ingeniería genética, según el sitio web de Greenpeace, y otras piensan que la ingeniería genética es la clave para hacer que los alimentos sean más seguros y abundantes, así como para las personas y los animales más saludables.
