El sistema excretor de un gusano es diferente porque tiene órganos excretores en casi todos los segmentos de su cuerpo. El sistema está formado por tubos enrollados llamados nefridias que se abren hacia la cavidad corporal.
Cada segmento se alimenta en un tubo principal llamado nefridiostoma, que luego transporta los desechos fuera del cuerpo una vez que todos los nutrientes útiles se eliminan de los líquidos y se pasan del cuerpo al final. El sistema excretor cumple la doble función de eliminar los desechos y de funcionar como un riñón. Los canales que forman otra parte del sistema excretan una solución salina para mantener el equilibrio de sal del cuerpo de los gusanos.