La mayoría de las colonias bacterianas que crecen en placas de medios de cultivo son típicamente blancas, crema o amarillas en apariencia y son relativamente circulares. Algunas colonias, sin embargo, pueden exhibir características poco comunes. Las colonias de hongos, como los mohos o los hongos que causan el pie de atleta, suelen ser grandes, difusas y se vuelven de un color diferente a medida que crecen hacia afuera desde sus centros.
Las características específicas de una colonia se conocen como la morfología de la colonia, que ayuda en la identificación de la especie. Además de las características básicas, algunas colonias pueden identificarse por una forma irregular, filamentosa o rizoide.
Girar el plato de cultivo de lado permite al observador observar si la elevación o sección transversal de la colonia es elevada, convexa, plana, umbonada o crateriforme. Un factor de identificación adicional es la opacidad; La colonia puede ser clara, translúcida, opaca o iridiscente.