Los tiburones ballena se alimentan por filtración, lo que significa que comen cantidades masivas de pequeños crustáceos, plancton y otros organismos pequeños. En sus bocas tienen estructuras de filtros pasivos especializados que permiten que el agua de mar pase a través de los alimentos y los cuele.
La alimentación con filtro es el mismo método de alimentación utilizado por las almejas, el krill, las esponjas, las medusas, las mantarrayas, las ballenas y otras especies de tiburones. Además, muchas especies de peces que se alimentan desde el fondo o que se alimentan en el fondo alimentan por filtración y desempeñan un papel importante en la regulación de la cadena alimentaria del océano y la calidad del agua. El menhaden del Atlántico es un tipo de arenque que filtra cuatro galones de agua por minuto, eliminando grandes cantidades de plancton del agua del océano diariamente.